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“检疫性有害生物DNA条形码检测数据库建设及应用”项目研究进展

    项目自2012年12月以来,相关课题与合作单位交流讨论,明确分工,签署合作协议,并进行了样品的收集、引进工作,进展如下:
    一、项目组织与协调
    1. 通过与国家认监委沟通交流,国家认监委同意涉及到DNA条形码的通用性标准及部分技术成熟的标准2013年立项,其他标准根据研究进展分批立项,这确保了该项目研究及后续应用的标准化与科学化。
    2. 课题三“植物检疫性昆虫、线虫与杂草DNA条形码检测技术研究与示范应用”与厦门局、山东局、湖北局、浙江
局、西北农林科技大学等单位分别签署昆虫不同种类条形码研究技术协议,和检科院、天津局、江苏局、广东局、厦门局、上海局等有关线虫专家就线虫条形码研究主要步骤进行初步讨论,建议各有关单位先保存好有关线虫样品,拟进一步制订具体分工及工作内容。
    3. 课题四“动物病原微生物DNA条形码检测技术研究与示范应用”就进一步开展蚊虫DNA条形码实验室研究召开了研讨会,要求按计划按进度进行实验。
    二、 样品收集情况
    1. 通过与国内实验室交流,获取70株植物病原菌菌株,正进行鉴定,这将植物病原菌DNA条形码检测数据库,并能提高条码基因的可靠性。
    2. 新扩增昆虫(蛾类、白蚁、象甲、长蠹)16种,获得条码序列34条,杂草收集标本45种,获得条码序列30条,新完成线虫测序近100次,所涉及的主要是18S、ITS、28S和COI等基因。经过和南京农业大学等的交流,已获得一批欧盟的固定线虫标本,主要是剑属线虫和长针属线虫。
    3. 收集疑似蠕形蚤样品36份,疑似感染环形泰勒虫羊、牛血液样品12份,可传播环形泰勒虫蜱虫样本46份。鉴定普通奥斯特线虫、宁陕奥斯特线虫、新疆马歇尔线虫总计68份样本。
    4. 整理蝇类标本约4800头,鉴定约1200头,分别为40多个种,提取蝇类样本75个DNA,测序255条,尝试从微小样本螨类中提取DNA,尝试从保存了10年以上的蝇类样本中提取DNA;整理云南采集的蚊类标本300份并开展蚊类DNA条形码实验前试剂配制。
    5. 正在办理ATCC、CBS和CABI引进实验用菌株材料的审批手续。
    三、成果概况
    1. 进一步优化单条线虫DNA提取方法,已初步开展对幼虫以及已固定和甘油处理过的线虫标本的DNA提取方法研究。目前,经过对单条线虫DNA提取方法的优化,可以保证对单条拟松材线虫进行200次以上的PCR扩增,对以后的线虫条形码研究具有重要意义。
    2.通过不同试剂盒对腥黑粉菌单孢子基因组扩增的比较筛选,确定了最优的试剂盒和扩增方案,并通过ITS验证其有效性。通过文献调研等方式,摸索疫霉、轮枝菌、炭疽菌等真菌的RNA提取方案,拟采用核酸提取系统进行提取。通过自行设计引物、优化核酸提取质量、优化PCR扩增条件等方法,提高COI片段扩增成功率。
    3. 新发表5篇论文。


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